PLINKを用いた関連解析の手法について

関連解析の手法について

様々なモデルと統計手法があるのでまとめてみた。理解があっているのか不安あり。

遺伝様式

参考サイト
plink..
Basic statistical analysis in genetic case-control studies, Clarke GM et al., Nat Protoc. 2011 Feb;6(2):121-33.
GENETIC EPIDEMIOLOGY GLOSSARY by M.Tevfik DORAK

モデルとテスト 概要 具体例 方法例
Basic allelic model  ケース群とコントロール群間のアレルの頻度を比較。  D vs. d x2検定
Genotypic model マイナーアレルホモ、ヘテロ、メジャーアレルホモのアレル頻度の比較。順番やアレル本数を考慮しない。  DD vs. Dd vs. dd Fisher's exact test
Additive model
(相加モデル)
 マイナーアレルの所有数に依存して形質への影響度が加算的に増加。
ハーディ-ワインバーグ平衡を仮定しない。
0, 1, 2 Cochran-Armitage trend test
Dominant model
(優性モデル)
マイナーアレルの所有数が1~2本の時に均等に扱う。従って、マイナーアレルを1本でも所有していれば形質に寄与する。 (DD, Dd) vs. dd
Recessive model
(劣性モデル)
マイナーアレルの所有数が0~1本のときを均等に扱う。従って、マイナーアレルを2本所有した時(ホモ接合体)に形質に寄与する。  DD vs. (Dd, dd)

その他のモデル

Co-dominant genetic model (共優性)
Ddのヘテロは、DDとddの表現型の中間的な表現型を示したり、DDとddとは異なる表現型を示す。Additive modelはCo-dominantモデルに含まれる。

Multiplicative genetic model (相乗モデル)
マイナーアレルの所有数に依存して、形質への影響度が相乗的に増加。ヘテロ接合(Dd)ではr倍、ホモ接合(dd)ではrの2乗倍となる。

統計手法

統計手法 概要 具体例 適応モデル
Trend test (WTCCC, 2007)  ケース群とコントロール群間の
各genotypeの平均値の違い(傾き)を比較。
 0, 1, 2 Additive
Dominant
Recessive
Cochran-Armitage trend test  ハーディ-ワインバーグ平衡を仮定しない。  DD vs. Dd vs. dd Additive
Chi-Squared Test (Case/Control) vs. (D/d) Allelic
Genotypic
Dominant
Recessive
Fisher's exact test  DD vs. Dd vs. dd Allelic
Genotypic
Dominant
Recessive
Logistic/Linear Regression
 0, 1, 2 Additive
Dominant
Recessive
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