ウイルス検出をメインとする解析ツール 出典： OMIC TOOLS Virome analysis (metagenomic data) ツール名 概要 発表年・更新年 引用数 (2016.8.30時点) METAVIR ローデータおよびアセンブルコンティ...
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SAMtoolsをUbuntuにインストールしてみよう
Samtoolsは、次世代シーケンサーで得られた短い配列をリファレンスゲノムにマップした後に作成されるBAM/SAMファイルを評価するツール。 ※旧サイトでは「SAMtools」となっていましたが「Samtools」に改名した模様 【オフィシャルサイト】 Sa...
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意外と情報がないシーケンスランのクオリティ確認
シーケンスをした後のデータ解析のツールは色々と日本語で紹介されているけれども、シーケンスのランを評価するツールに関する日本語資料が意外となかったので、書いてみる。 今回の参考資料は、オーストラリアThe University of QueenslandのNewell氏著の...
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イルミナBaseSpaceにリモートアクセスするBaseMountを使ってみよう！
BaseMountを使うことでイルミナ社が提供するクラウドサービスBaseSpaceにLinuxからコマンド入力で操作できるようになった。 【オフィシャルページ】 BaseMount https://basemount.basespace.illumina.c...
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BEDtools Install for Windows
【仕様】 Windows 7 1. Cgywinのインストール Cygwinの32bit版 setup-x86.exeのインストール。 ※64 bit版はBEDtoolsのmakeがうまく動かず） - Cygwin install for Windows ...
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BEDtools/SAMtools/Picard/GATK install for Mac
Date:2014/6/29 【仕様】 PC：Mac OS X 10.8.5 【アップデート】 BEDtoolsのインストールに必要なgccコンパイラがXcodeのインストールだけでは不十分になっていた。 1. GCCコンパイラのインストール - BEDtool...
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