関連解析の手法について 様々なモデルと統計手法があるのでまとめてみた。理解があっているのか不安あり。 遺伝様式 参考サイト ・ plink.. ・ Basic statistical analysis in genetic case-control st...
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PLINKの使い方 4 〜量的体質の関連解析〜
量的体質の表現型の場合、線形回帰解析を行う。 http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/anal.shtml 1. 線形回帰解析 コマンド plink --bfile mydata --linear 独自の...
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PLINKの使い方 3 〜集団の階層化〜
ゲノムワイドなSNPを用いて集団の階層化（補正）を行う。 参考論文 Data quality control in genetic case-control association studies 論文内でのIBSおよびIBDの定義 identity-by-s...
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PLINKの使い方 2 〜データクオリティの評価〜
データクオリティの評価方法。 ・http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/summary.shtml ・"Data quality control in genetic case-control association s...
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PLINKの使い方 1 〜フォーマット整形〜
1. PLINK独自のフォーマットについて PLINKで解析をするために、まずPLINK独自のフォーマットにデータを整形する必要がある。研究デザインにあわせていくつかのフォーマットが用意されている。 http://pngu.mgh.harvard.edu/~purce...
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