【仕様】
PC：Mac OS X 10.8.5
【アップデート】
BEDtoolsのインストールに必要なgccコンパイラがXcodeのインストールだけでは不十分になっていた。
1. GCCコンパイラのインストール
- BEDtoolsを使うためにGCC バージョン4.1以上が必要。
- MacのTerminalで実行するにはXcodeのダウンロードが必要。
- Mac Dev Center にアクセスし、「Xcode4.6.3」をダウンロード
- 「Xcode4.6.3」をインストール
- Mac Dev Center より「Command Line Tools (OS X Mountain Lion) for Xcode -April 2014」をダウンロード
- 「Command Line Tools ...」をインストール
- [ターミナル]を起動し、GCCのバージョンを確認
- $gcc -dumpversion
2. SAMtoolのインストール
- 下記ウェブサイトよりSAMtoolsを取得
- http://www.htslib.org/download/
- ダウンロードしたファイルをダブルクリックで解凍
- [Terminal]よりsamtools-1.2ディレクトリへ移動
- $cd samtools-1.2
- $make
- $make prefix=/Users/Name/Downloads/samtools-1.2 install
- (binディレクトリが作成される)
- $export PATH=/Users/Name/Downloads/samtools-1.2/bin:$PATH
- [Terminal]よりsamtoolsを実行
- $samtools
3. Picardのインストール
- 下記ウェブサイトよりPicardを取得
- https://broadinstitute.github.io/picard/index.html
- （トップページのボタンリンクからダウンロードするとjarファイルが見つからず... Download Page（https://github.com/broadinstitute/picard/releases）からダウンロードしたらjarファイルがあった。）
- Javaのバージョンチェック
- $ java -version
- (Java 1.6 required)
- 実行
- java jvm-args -jar picard.jar
4. GATK
- 下記ウェブサイトよりアカウントを作成しGATKをダウンロード
- https://www.broadinstitute.org/gatk/download/
- GATKを開く
- $ cd GenomeAnalysisTK-3.4-0
- $ java -jar GenomeAnalysisTK.jar --help
- エラーのトラブルシュート
- http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/1200/howto-test-your-gatk-installation
- javaのバージョン7が要求される
- （古いバージョンの）Java 7を取得する
- https://www.java.com/ja/download/help/mac_install.xml
- http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk7-downloads-1880260.html
- $ java -version
- java version "1.7.0_79"
- Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_79-b15)
- Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 24.79-b02, mixed mode)
- FASTQファイルの取得
- ヒトリファレンスゲノムucsc.hg19.fasta.gzを下記ウェブサイトより取得
- ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/2.8/hg19/
- 遺伝子リストの取得
###########################################
Date:2012/4/1
【仕様】
PC：Mac OS X 10.6.8
プログラミング経験：皆無
【目的】
UCSCのゲノムアノテーションデータを用いて、特定のゲノム領域と全ゲノム領域間のアノテーション情報の比較。
【ツール】
BEDtools -ゲノム上のアノテーション情報を統計的に比較するためのユーティリティ。
1. GCCコンパイラのインストール
- BEDtoolsを使うためにGCC バージョン4.1以上が必要。
- MacのXcodeと一緒にダウンロードするのが一般的らしい。
- Mac Dev Center にアクセスし、Apple IDでログインする。
- [View all downloads]から[Xcode]のキーワードで検索し、MacのバージョンにあったXcodeを探す。
- Snow Leopard用のXcode3.2.6が非常に重かったのでXcode3.2.1をダウンロード。
- インストーラーの指示通りにインストール。
- [ターミナル]を起動し、GCCのバージョンを確認。
【実行例】
$ gcc -dumpversion #コマンドの入力
4.2.1 #結果
- http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%A4%E3%83%A9
- http://osksn2.hep.sci.osaka-u.ac.jp/~taku/osx/install_xcode.html
- BEDtools Downloads から現時点の最新版[BEDTools.v2.16.2.tar.gz]をダウンロード。
- ファイルをダブルクリックで解凍。
- [ターミナル]上で、cdコマンドでダウンロードしたファイル（ディレクトリ）に移動する。
【実行例】
$ cd /Users/***/Desktop/BEDTools-Version-2.16.2
# $の前が[BEDTools-Version-2.16.2 user$]となる。
$ make #実行に数分かかる。
Building BEDTools:
=========================================================（中略）
done. - cd [ディレクトリ名]：ディレクトリを移動（変更）する。macの場合、ターミナルにファイルをドラッグすると自動的にディレクトリまでのパスを書いてくれる。
- make [ファイル名]：ソースファイルから目的のファイルを生成する。
- テストデータを開く。
【実行例】
$ make test
Building BEDTools:
=========================================================
（中略）
slop.t11...ok
- BEDtoolsの[README.rst]（テキストエディット）。
- 楽にBEDtoolsのコマンドを実行するためにパスを設定する。
- [ターミナル]でパスを確認する。
【実行例】
$ echo $PATH
/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/X11/bin- /usr/bin
- /bin
- /usr/sbin
- /sbin
- /usr/local/bin
- /usr/X11/bin
- [Macintosh HD] -> [Developer] -> [usr]ファイル内に[local]ファイルを作成する。
- ダウンロードしたBEDToolsフォルダを[local]ファイル下にコピーする。
- [ターミナル]でパスの設定をする。
【実行例】
$ PATH=$PATH:/usr/local/BEDTools-Version-2.16.2/bin
$ export PATH - テストファイルを開いてみる。
【実行例】
$ cat ../test/intersect/a.bed
chr1 10 20 a1 1 +
chr1 100 200 a2 2 -
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