SAMtoolsをUbuntuにインストールしてみよう

Samtoolsは、次世代シーケンサーで得られた短い配列をリファレンスゲノムにマップした後に作成されるBAM/SAMファイルを評価するツール。


※旧サイトでは「SAMtools」となっていましたが「Samtools」に改名した模様


【オフィシャルサイト】

Samtools

http://www.htslib.org/

【仕様】
PC：Windows 7 64bit
仮想環境：Virtual Box Ubuntu

インストール方法

【参考】
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19505943
http://g86.dbcls.jp/~yag/wordpress/archives/1274
http://ngsdamemorandum.blogspot.jp/2014/04/samtools.html

wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.12/samtools-0.1.12a.tar.bz2
tar jxvf samtools-0.1.12a.tar.bz2
cd samtools-0.1.12a

# makeするのに足りないパッケージ群を取ってきます(必要であれば)
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install libncurses5-dev
make
./samtools

# PATHを通す
export PATH=/home/***/software/samtools-0.1.12a/:$PATH

SAMtoolsの使い方

【参考】
http://www.htslib.org/doc/samtools.html

http://bioinfomemoblog.blogspot.jp/2012/06/blog-post_1861.html
https://sites.google.com/site/hiromimatsumae/ji-tuan-yi-chuan-xue

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