メタゲノムからのウイルス検出ツール

ウイルス検出をメインとする解析ツール

出典：OMIC TOOLS Virome analysis (metagenomic data)

ツール名	概要	発表年・更新年	引用数 (2016.8.30時点)
METAVIR	ローデータおよびアセンブルコンティグに対し、ウイルスメタゲノムシーケンスのアノテーションを実施	(Roux et al., 2014) Metavir 2: new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis. BMC bioinformatics.	43
PHACCS	メタゲノムデータに対し、非培養ウイルスコミュニティの多様性や構造を推定するためのMATLABツール	(Angly et al., 2005) PHACCS, an online tool for estimating the structure and diversity of uncultured viral communities using metagenomic information. BMC bioinformatics.	158
Vanator	イルミナディープシーケンスサンプルのメタゲノムプロファイルを評価するため、アライメント、アセンブルなどの解析ツールをまとめたPerlパイプライン	(Jarrett et al., 2013) Molecular methods of virus detection in lymphoma. Methods in molecular biology.	1
VIROME	様々な環境下におけるシーケンスデータを検索できるウェブアプリケーション	(Wommack et al., 2012) VIROME: a standard operating procedure for analysis of viral metagenome sequences. Standards in genomic sciences.	50
ViromeScan	NGSのローデータに対し、ウイルスコミュニティのタクソノミー付けを行うツール	(Rampelli et al., 2016) ViromeScan: a new tool for metagenomic viral community profiling. BMC genomics.	2
Virus Identification Pipeline (VIP)	NGSメタゲノムデータに対し、ウイルスの検出と同定を行うワンタッチLinuxパイプライン	(Li et al., 2016) VIP: an integrated pipeline for metagenomics of virus identification and discovery. Scientific reports.	2

ウイルス検出も可能なメタゲノム解析ツール

ツール名	概要	発表年・更新年	引用数 (2016.8.30時点)
MePIC	患者検体由来のメタゲノムデータより、病原性のシーケンスを検出するためのウェブサービス	(Takeuchi et al., 2014) MePIC, Metagenomic Pathogen Identification for Clinical Specimens.	10
Kraken	メタゲノム研究のショートDNAシーケンスに対し、タクソノミーラベルをアサインするLinuxツール	(Wood et al., 2014) Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments.	217

メタゲノムから検出された微生物やウイルスについて学ぶなら。

絵でわかる感染症　ｗｉｔｈ　もやしもん (ＫＳ絵でわかるシリーズ) 

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