PLINKの使い方 4 〜量的体質の関連解析〜

量的体質の表現型の場合、線形回帰解析を行う。

• http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/anal.shtml

1. 線形回帰解析

• コマンド

• plink --bfile mydata --linear

• 独自のフィルタリング

• plink --file mydata --pheno pheno.txt --geno 0.05 --maf 0.05 --hwe 0.001 --linear

• アウトプット

• #     CHR       Chromosome
  #     SNP       SNP identifier
  #     BP        Physical position (base-pair)
  #     A1        Tested allele (minor allele by default) 
  #     TEST      Code for the test (see below)
  #     NMISS     Number of non-missing individuals included in analysis
  #     BETA/OR   Regression coefficient (--linear) or odds ratio (--logistic)
  #     STAT      Coefficient t-statistic 
  #     P         Asymptotic p-value for t-statistic

• オプション
• --ci 0.95：95%信頼区間を算出
• --standard-beta：集団での量的体質の平均値を0とする
• --pheno pheno.txt : 別途の表現型ファイルを引用する（表現型が1つ以上ある場合は別ファイルで管理）
• --mpheno 3：表現型ファイルの特定の表現型（3列目）に対して解析を実行
• --pheno-name HDLC : 表現型ファイルのヘッダー項目で絞り込み解析を実行
• --all-pheno：表現型ファイルの全表現型に対して繰り返し解析を実行
• --pfilter 5e-8：p-value < 5e-8のSNPだけを示す
• --sex：性別を共変量として調整
• --covar covar.txt：喫煙の有無、年齢、性別などの共変量を明記した共変量ファイルを引用
• --covar-name Sex,Age : 共変量ファイルのヘッダー項目で絞り込む
• --hide-covar：変量と表現型の統計解析結果を隠す

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