BEDtools Install for Windows

【仕様】
Windows 7

1. Cgywinのインストール

Cygwinの32bit版 setup-x86.exeのインストール。

※64 bit版はBEDtoolsのmakeがうまく動かず）

- Cygwin install for Windows 7
http://www.cygwin.com/
http://www.kkaneko.com/rinkou/cygwin/cygwin.html [Japanese]

2. Cygwinのパッケージの追加

以下のパッケージを追加。

• Devel  gcc-g++: GNU Compiler Collection (C++)
• Devel  mingw-gcc-g++
• Devel  gdb: the GNU debugger
• Devel  make: The GNU version of the 'make' utility
• Net     curl: Multi-protocol file transfer tool
• Base   tar: A GNU file archiving program
• Libs    zlib: Gzip de/compression library

- パッケージの追加方法
http://win.just4fun.biz/%E9%96%8B%E7%99%BA%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB/Cygwin%E3%81%AE%E3%83%91%E3%83%83%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%81%AE%E8%BF%BD%E5%8A%A0%E3%81%A8%E5%89%8A%E9%99%A4.html [Japanese]

- BEDtools用のパッケージ
http://cs.calvin.edu/curriculum/cs/112/resources/installingEclipse/cygwin/

2. BEDtoolsのインストール

- インストール方法の紹介
http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.html

1. BedTools Githubからの入手
https://github.com/arq5x/bedtools2/releases

2. Cygwinからの入手
※curl、tar、makeが必要

$ curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2.17.0.tar.gz > BEDTools.tar.gz
$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz
$ cd bedtools-2.17.0
$ make clean
$ make all

3. BEDtoolsをCygwinで利用

- binフォルダをコピーする方法
cd /cygdrive/c/xxx/xxx/BEDTOOL/bedtools-2.17.0
cp bin/* /usr/local/bin

- 毎回パスを通す方法
export PATH=$PATH:/cygdrive/c/xxx/xxx/BEDTOOL/bedtools-2.17.0/bin

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