ウイルス検出をメインとする解析ツール 出典： OMIC TOOLS Virome analysis (metagenomic data) ツール名 概要 発表年・更新年 引用数 (2016.8.30時点) METAVIR ローデータおよびアセンブルコンティ...
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データビジュアライズの参考サイト
データって大量になるほど読みづらいし理解しづらい。 そんな大量データは視覚的に訴えた方がわかりやすいのだが、残念ながらまとめサイトが少ない。 希少な参考サイトを紹介しておく。 D3.js - Data-Driven Documents http://d3js.org/...
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【Life Log】MioAlphaで登山ログを作ってみたよ
MioAlphaは元々日常的な心拍の測定用に購入したが、異常値がでやすく、システムエラーなのか正しいバイタル値なのか判別が難しいことが判明。。 異常値のパターンがわかれば補正できるかもしれないので代理店に測定アルゴリズムを問い合わせてみたが、当然のように教えて貰えず諦めた。 ...
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SAMtoolsをUbuntuにインストールしてみよう
Samtoolsは、次世代シーケンサーで得られた短い配列をリファレンスゲノムにマップした後に作成されるBAM/SAMファイルを評価するツール。 ※旧サイトでは「SAMtools」となっていましたが「Samtools」に改名した模様 【オフィシャルサイト】 Sa...
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意外と情報がないシーケンスランのクオリティ確認
シーケンスをした後のデータ解析のツールは色々と日本語で紹介されているけれども、シーケンスのランを評価するツールに関する日本語資料が意外となかったので、書いてみる。 今回の参考資料は、オーストラリアThe University of QueenslandのNewell氏著の...
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イルミナBaseSpaceにリモートアクセスするBaseMountを使ってみよう！
BaseMountを使うことでイルミナ社が提供するクラウドサービスBaseSpaceにLinuxからコマンド入力で操作できるようになった。 【オフィシャルページ】 BaseMount https://basemount.basespace.illumina.c...
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Windows＋外付けHDにデータ解析用の仮想環境を作ろう！
パソコンのスペック、メモリやハードディスクの容量が制限となってデータ解析ができない時、 外付けハードディスクに仮想環境を作ることができます。 【環境】 OS：Windows 7 プロセッサ：Intel Core i5 メモリ：8GB HD：118GB（残り5Gと...
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