* Purpose Extract specific keywords from body of an article and output existed keywords, PubMed ID and PubMed Central ID. 全文から特定のキーワードを...
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Get a full-text article in XML text file from PubMed Central
1. Search articles at PubMed and click "Display Settings" and select "PMID list" format and "200" Items ...
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論文のアブスト（概要）から特定のキーワードを検索し、ヒットしたキーワードとPubMedIDを出力
【目的】 概要から特定のキーワードを検索してPubMedIDとセットでアウトプットする。 【設定】 Python 2.7.3 (NOTE: Python 2.4 didn't have xml.etree) 【準備】 - abstract.xml:...
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Get an abstract of article in XML text file from PubMed
* Purpose Get abstract in XML format using PubMed ID. 論文のpubmed idを用いてAbstractをxml形式で取得する。 NOTE: Maximum limit is 500 XMLs at once....
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Create a heatmap by pheatmap package of R
Sample image and data format for pheatmap package. ### Install package > options(CRAN="http://cran.r-project.org/web/packages/phe...
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PLINKの使い方 4 〜量的体質の関連解析〜
量的体質の表現型の場合、線形回帰解析を行う。 http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/anal.shtml 1. 線形回帰解析 コマンド plink --bfile mydata --linear 独自の...
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PLINKの使い方 3 〜集団の階層化〜
ゲノムワイドなSNPを用いて集団の階層化（補正）を行う。 参考論文 Data quality control in genetic case-control association studies 論文内でのIBSおよびIBDの定義 identity-by-s...
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PLINKの使い方 2 〜データクオリティの評価〜
データクオリティの評価方法。 ・http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/summary.shtml ・"Data quality control in genetic case-control association s...
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PLINKの使い方 1 〜フォーマット整形〜
1. PLINK独自のフォーマットについて PLINKで解析をするために、まずPLINK独自のフォーマットにデータを整形する必要がある。研究デザインにあわせていくつかのフォーマットが用意されている。 http://pngu.mgh.harvard.edu/~purce...
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BEDtools Install for Windows
【仕様】 Windows 7 1. Cgywinのインストール Cygwinの32bit版 setup-x86.exeのインストール。 ※64 bit版はBEDtoolsのmakeがうまく動かず） - Cygwin install for Windows ...
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[dbSNP] Merged SNPs archive
dbSNP ではバージョンアップの際にrs numberの融合が頻繁に起きており、古いSNP numberが最新版では消えているという悲しい現象がある。 今回、rs number融合の歴史（アーカイブ）をやっと見つけたので、紹介する。 [Offical Informa...
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EXCELからMySQLへ読み込む際の注意点
[注意点] Integer型に空文字はダメなので「NULL」に置き換える。 EXCELでセルの書式設定が「数値」になっているものは「標準」にかえる。 LOAD DATA LOCAL INFILE "/Users/***/test.csv"...
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MySQLで完全一致検索ができない
使用するSQLをPostgreSQLからMySQLに変更してみたところ、LOAD DATA INFILEでハマった。 LOAD DATA INFILEでcsvデータを読み込み、読み込んだデータに文字化けがないことも確認しているのに、なぜか完全一致検索はできないがLIKE検索なら...
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